هر آنچه که در قسمت‌های فوق اشاره کردیم، برترین مزایای پارکینگ مکانیزه به شمار می‌آیند. اما اگرچه این مزایا ارزشمند هستند، برخی معایب برای تجهیزات مکانیزه پارک خودرو معرفی شده است که در این بخش به آنها می‌پردازیم. از مهم‌ترین معایب پارکینگ‌های مکانیزه عبارتند از:

خرید، نصب و راه‌اندازی پارکینگ مکانیزه، به سرمایه‌گذاری مالی قابل توجهی نیاز دارد
برای کنترل و مراقبت از خودروهای پارک شده در این نوع پارکینگ‌ها، نیروی انسانی با تخصص بیشتری باید استخدام کرد؛ که این شرایط، مستلزم در نظر گرفتن حقوق، دستمزد و مزایا برای آنها خواهد بود.
کنترل ورود و خروج خودروها به پارکینگ‌های مکانیزه، به سیستم‌های پرداخت بانکی الکترونیکی و کیف پول مجازی نیاز دارد.
نیروی کار در پارکینگ‌های مکانیزه باید به صورت شیفت‌های کاری، در ۲۴ ساعت شبانه روز فعالیت کنند.
مدیریت هزینه‌ها در این نوع پارکینگ‌ها دشوارتر است.
هزینه‌های نگهداری و تعمیرات یک پارکینگ مکانیزه عمدتاً بسیار بیشتر از پارکینگ‌های معمولی است.
برای مجهز کردن پارکینگ‌های مکانیزه باید از سیستم‌های نرم‌افزاری و سخت‌افزاری رایانه‌ای در سراسر مکان استفاده کرد، تا کنترل بهتری بر روی خودروها انجام گیرد. بنابراین هم هزینه‌ها افزایش دارد و هم برنامه‌های تعمیرات- نگهداری، دشوارتر می‌شود.
مدیریت رفت و آمد خودروها در ایام مختلف هفته، به یک برنامه‌ریزی دقیق نیاز دارد.
اگر پارکینگ‌های مکانیزه در اطراف مکان‌های شلوغ نظیر بیمارستان‌ها یا جاذبه‌های گردشگری ساخته شده باشند، حجم زیاد خودرو باعث می‌شود که با کمبود فضای پارک ماشین روبرو باشیم، بنابراین رضایتمندی مشتریان تا حدی کاهش پیدا می‌کند.